Pré-Traitements SPM 8 / 12

Batchs & documentation
mercredi 17 juin 2015
par Jean-Luc Anton

Le centre IRMf est heureux de mettre à disposition des chercheurs plusieurs chaines de pré-traitements des données IRM anatomiques et fonctionnelles, standardisées et compatibles avec les logiciels spm8 et spm12.

Ces procédures ont été mises en place, paramétrées en fonction des données classiquement produites par notre centre IRMf, testées et validées par Aurélie Ponz.

Pour chacune des versions de spm, sont proposées deux chaînes de prétraitements :
* l’une incluant une normalisation "standard" vers l’espace MNI (sujet par sujet)
* l’autre mettant en œuvre l’algorithme DARTEL qui donne a priori des résultats plus précis mais nécessite de traiter simultanément l’ensemble des sujets de la population.

Aurélie a également rédigé une documentation complète pour aider les chercheurs à mettre en œuvre ces pré-traitements sur leurs propres données.

L’ensemble de ces informations sont disponibles ici :
* documentation : Télécharger le pdf (1,4 Mo)
* fichier zip contenant les batchs spm8 : Télécharger le zip
* fichier zip contenant les batchs spm12 : Télécharger le zip

N’hésitez pas à télécharger ces batchs, à les adapter et à les tester sur vos propres données.
Attention : avec certaines données plus ou moins bruitées, il est possible que les paramètres définis ici ne soient pas optimaux.
Tous vos commentaires, remarques et suggestions constructives sont les bienvenus afin de nous permettre d’améliorer cette première version de ces outils.

Aurélie PONZ (aurelie.ponz at gmail.com ) & Jean-Luc ANTON (Jean-Luc.Anton at univ-amu.fr)


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