Groupe de Travail Thématique : "Connectivité fonctionnelle"

dimanche 7 décembre 2014
par Jean-Luc Anton

Voici, comme base de travail, les documents issus des dernières réunions du Groupe de Travail Thématique "Connectivité".

    • Introductions générales par Pierre Fonlupt (17-18 janvier 2013) :

- les présentations de Pierre Fonlupt au format pdf :

* Connectivite_preparation.pdf (Préparation des données IRMf et nature des variations prises en compte dans les analyses de connectivité)

* Connectivite.pdf (Connectivité et IRMf : les différentes approches)

- les fichiers matlab (.m) avec lesquels nous avons travaillé, rassemblés dans l’archive PIERREF.zip.

- le fichier des données brutes avec lequel nous avons travaillé : le fichier DONNEES_CLUSTERS_BRUTES.mat (Attention : 300 Mo !!)

    • Le logiciel CONN :

- les liens pour installer le logiciel CONN et télécharger la documentation. Tout est là : http://www.nitrc.org/projects/conn/

- le fichier pdf de l’article qui décrit les méthodes mises en œuvre dans le logiciel : Whitfield-Gabrieli, S., and Nieto-Castanon, A. (2012). Conn : A functional connectivity toolbox for correlated and anticorrelated brain networks. Brain Connectivity, Volume 2, Number 3, 2012.

- le cours donné par Pilar Salgado Pineda lors des T.P. "Connectivité fonctionnelle" organisés à Marseille en 2010 : TP_conn.ppt (1,3 Mo).

- la présentation d’introduction au logiciel faite par Jean-Luc Anton lors de la Réunion Mensuelle de Neuroimagerie du 13 juin dernier, qui faisait suite à la réunion GTT du 14 mars 2013 : "Introduction à CONN (principes généraux, nettoyages des signaux, ...)".

- la présentation faite par Thierry Chaminade lors de la réunion GTT du 27 juin 2013 : "Connectivité fonctionnelle – Régions d’intérêt".

    • Parcellisation individuelle du cortex et analyse de connectivité fonctionnelle avec le logiciel CONN (13/03/2014)

- Guillaume Auzias : "Parcellisation de la surface corticale guidée par un modèle" Parcellisation corticale (7Mo)

- Bruno Wicker : "Utilisation de la méthode de parcellisation de la surface corticale pour une analyse de connectivité fonctionnelle avec la Conn Toolbox : Application au traitement explicite d’informations sociales chez des personnes ASD." Connectivité fonctionnelle et parcels (1 Mo)

- Documentation et scripts permettant de mener les analyses des données anatomiques individuelles sous BrainVisa (segmentation corticale, définition des parcelles, ...), des données fonctionnelles, ainsi que les analyses de connectivité en utilisant la toolbox CONN : à télécharger ici

    • L’approche Psycho-Physiological Interaction (PPI) :

- l’article sur la PPI très clair et pertinent de Jill X. O’Reilly & al : à télécharger ici

- le chapitre 33 du manuel spm8 (0,6 Mo), extrait du manuel complet de spm8 disponible sur le site de spm (http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/do...).

- les supports des Travaux Pratiques organisés par Jenny Coull et Jean-Luc Anton le 9 janvier 2014 sous spm8 : TP_PPI_README.doc, et les batchs auxquels il est fait référence : batch_PPI.m, batch_GLM_PPIs.m, batch_seuil_AAL.m.

- le cours donné par Pilar Salgado Pineda lors des T.P. "Connectivité fonctionnelle" organisés à Marseille en 2010 (sous spm5) : TP_PPI.ppt (0,8 Mo).


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