T.P. Toolbox fMRI de BrainVisa

jeudi 24 juin 2010
par Jean-Luc Anton

Toolbox fMRI de BrainVisa

Travaux Pratiques - niveau avancé

Du 27 au 29 octobre 2010, Marseille

Dans la continuité directe de la formation théorique JIRFNI "IRMf niveau avancé" de mai 2009 à Marseille, les objectifs généraux de ces trois jours de Travaux Pratiques sont de permettre à des utilisateurs confirmés de l’IRMf :

■ de maîtriser les aspects pratiques et méthodologiques pour mener des analyses avancées avec la toolbox fMRI de BrainVisa

■ de savoir comparer les résultats obtenus sur données réelles avec ceux obtenus avec des outils plus standards dans la littérature (avantages et inconvénients, les différentes hypothèses émises…)

Voir en bas de page l’affiche de la formation.


Programme, informations et supports de cours à télécharger (bouton de droite de la souris, enregistrer la cible du lien sous …)

Logiciels (BrainVisa/Anatomist et Toolbox fMRI) téléchargeables ici : http://brainvisa.info/

Description générale du TP disponible ici : TP_Toolbox_fMRI_BrainVisa_donnees_Localizer.pdf (0,1 Mo)

Documentation de la Toolbox fMRI de Brainvisa disponible ici : fMRI_pipeline.pdf (1 Mo)

Mercredi 27 Octobre 2010

10h – 13h :

Introduction. Voir Intro_TP_Toolbox_fMRI_BrainVisa.pdf (0,9 Mo).

Présentation de Brainvisa/Anatomist et introduction aux bases de données. Voir Intro_brainvisa_database.pdf (1,4 Mo).

Présentation du protocole utilisé (Localizer) et importation des données dans BrainVisa

Pré-traitements des données fonctionnelles en utilisant SPM à partir de BrainVisa

13h – 14h30 : Repas

14h30 – 18h :

Pré-traitements des données fonctionnelles en utilisant le recalage spatio-temporel (correction conjointe du mouvement et du slice timing). Voir cours de la formation de Mai 2009 : JIRFNI_Marseille_Roche_realign4d.pdf (0,3 Mo)

Analyse statistique au 1er niveau (GLM : modèle linéaire généralisé)

Jeudi 28 Octobre 2010

10h – 13h : Analyse statistique de groupe, au 2nd niveau :

Analyse de type « random effects »

Méthodes avancées en analyse de groupe : tester si la distribution est gaussienne, et la reproductibilité des activations par permutations. Voir cours de la formation de Mai 2009 : JIRFNI_Marseille_Thirion_Analyses_avancées_Groupe.pdf (2 Mo)

Tests de permutation et modèles à effets mixtes. Voir cours de la formation de Mai 2009 : JIRFNI_Marseille_Roche_between_subject.pdf (2 Mo)

13h – 14h30 : Repas

14h30 – 18h :

Gestion des référentiels sous Anatomist. Voir anatomist_referentials.pdf (0,6 Mo).

Analyse sur la surface corticale

Vendredi 29 Octobre 2010

10h – 13h : Détection et estimation conjointe de la réponse hémodynamique (JDE) dans le volume et sur la surface corticale. Voir présentation presentation_pyhrf_jde.pdf (5,7 Mo) et documentation JDE dans le volume documentation_jde_volume.pdf (1,4 Mo).

13h – 14h30 : Repas

14h30 – 16h : Discussions et questions ouvertes


Documents joints

Affiche JIRFNI Toolbox fMRI de BrainVisa
Affiche JIRFNI Toolbox fMRI de BrainVisa